Год 2054-й. Пятьдесят страшных долгих лет прошло с тех пор, как в результате катастрофы поверхность Земли стала полностью необитаемой. Спасая свои жизни, остатки населения укрылись в парящей над планетой колонии «Лапута». Но жестокое и коррумпированное руководство «Лапуты» спровоцировало жителей колонии на конфликт, последствия которого оказались ужасными — последнее прибежище человечества было разрушено. Бежать больше некуда. Теперь, дабы выжить, земляне должны вернуть себе утраченную Землю и изгнать с планеты ненавистных захватчиков.