Игра следует сюжету всемирно известной экшн-трилогии «Матрица». Вы играете за Нео, выполняя его миссию. Вам будут помогать ваши друзья и соратники, но вы также будете иметь несколько выходов из различных ситуаций. Множество раз вам придется делать выбор, и последствия этого выбора вы очень скоро ощутите на собственной шкуре! Братья Вачовски специально написали для каждого подобного поворота событий отдельный сценарий, чтобы вам было интереснее играть.