Родился будущий старец в 1719 году, и при крещении ему дали имя Иоанн. Происходил он из дворянского рода Ушаковых. Когда юноша достиг совершеннолетия, родители определили его в Гвардейский Преображенский полк в Санкт-Петербурге, где Иоанн вскоре стал сержантом.Однажды во время веселой пирушки один из товарищей Иоанна внезапно упал и умер. Этот ужасный случай имел такое потрясающее влияние на душу молодого человека, что твердое решил, бросив все, от мирской суеты ради спасения души.
Наскоро собравшись, он в нищенской одежде ушел на берега Двины в поморские леса. Найдя пустую келью, Иоанн прожил в ней три года, проводя время в молитвах и посте. Скромную ему приносили окрестные жители. Недолго пожил любитель безмолвия в пустыни. Иоанн был арестован и при допросе откровенно сказал, что тайно ушел из службы в гвардии, а потому и представлен был к императрице Елизавете Петровне. Приведенный во дворец, в ожидании выхода государыни, Иоанн был предметом любопытства гвардейцев. От великого воздержания он был худ, бледен лицом, во власяной одежде, подпоясанной ремнем. Императрица, увидев его, спросила: "Зачем ушел ты из моего полка?" "Для спасения души, Ваше величество", - отвечал он. "Прощаю тебя и жалую прежним чином сержанта", - сказала государыня. В ответ Иоанн сказал: "Я желаю до конца жизни пребывать в начатом мною подвиге ради Бога и спасения моей души".
Видя искреннее желание просителя, императрица повелела ему остаться в Александро-Невском монастыре, и 19 сентября 1747 года он был пострижен в монахи под именем Феодор.
Вскоре весть о благочестивом монахе разнеслась по всему Перербургу, и к о.Феодору потянулись люди. Это вызвало зависть остальных монахов, и после 10 лет притеснения и отец Феодор попросился отпустить в Саровскую пустынь, куда и прежде хотел поступить. Получив желаемое увольнение, в 1757 году он выехал из Петербурга.
Живя в Саровской пустыни, о.Феодор однажды посетил состоящую в ее ведении обедневшую пустынь Санаксарскую. Он был настолько очарован красотою тамошних мест, совершенным уединением, очнь способствовашим монашескому житию, что всей душой полюбил Санаксар и твердо решил его возродить.
В то время в Санаксаре все было в упадке: церкви и кельи обветшали, деревянная ограда и кровли сгнили. Оставаясь пока официально в зависимости от Сарова, о. Феодор, как бы командированный строитель, начал обновлять кровли тесом, отстроил кельи и ограду. Много стараний приложил старец к возвращению и закреплению за обителью некогда принадлежавших ей лесных угодий, сенных покосов и водоемов.
Епископ Тамбовский Пахомий, бывший тогда епархиальным архиереем, зная отца Феодора, убедил его быть настоятелем в Санаксаре и принять ,и 13 декабря 1759 г. он был рукоположен во иеромонаха.
Глубоко проникнутый сознанием высоты и святости принятого им сана священства и ответственности настоятельства, отец Феодор по возвращению своему в пустынь начал служить Господу Богу с чистою совестию. По словам монастырской летописи, он "достойно соответствовал должности начальника; наставлял истинной вере и благочестию всех приходящих к нему, желающих препровождать жизнь богоугодную; нарочитое имел в наставлениях искусство, в рассуждениях был остр и пространен; отнюдь не склонял желания свои к стяжанию славы и богатства мира сего, но любил паче уединение и поучение словес божественных, жизнь свою посвящал трудам и попечению о спасении душ человеческих".
Вскоре собралось братии до двадцати человек. Из них двенадцать человек из отставных гвардейских служащих, тех самых, которые служили с отцом Феодором в С.-Петербурге. В 1765 году другим высочайшим указом Санаксарская пустынь стала монастырем.
Видя увеличение братии, старец Феодор решил вместо деревянной, уже обветшалой церкви построить каменную, двухэтажную. В нижнем этаже теплый храм освятить во имя усекновения главы св. Иоанна Предтечи, а верхний храм - в честь иконы Богоматери Владимирской. На построение нового храма по ходатайству придворных лиц, особенно графа Алексея Григорьевича Орлова, знавшего лично о. Феодора, по именному повелению государыни императрицы Екатерины II выдана из ее кабинетной суммы тысяча рублей. Под личным наблюдением настоятеля постройка храма велась с 1765 по 1774 год. И сегодня, два века спустя, с расстояния почти 10 км путникам открывается прекрасный вид на храм, сделанный в строго аскетическом духе, словно белопарусный фрегат, несущий подвизавшихся в обители монахов по безбрежному морю полей и лугов к тихому пристанищу всякой страждущей душе христианской.
В год окончания строительства храма благочестивому старцу выпало новое испытание. О.Феодор гневно осудил своего бывшего духовного сына, темниковского воеводу Нилова за притеснение крестьян и неблаговидные поступки. Воевода написал донос императрице, и ревнитель правды по высочайшему повелению был сослан в заточение в Соловецкий монастырь с лишением сана священства. В Соловецком монастыре старец прожил в терпении девять лет. Каждый год из Санаксара посылали к нему по два ученика.
К счастью, весть о напрасно осужденном дошла до митрополита Санкт-Петербургского Гавриила, и тот походатайствовал перед императрицей о возвращении о. Феодора в Санаксарский монастырь, что и было сделано в октябре 1783 г.
Умер старец в 1791 г. на 72 году жизни и похоронен в своей обители у созданного им храма. Здесь же находится и могила его племянника, знаменитого русского флотоводца Федора Ушакова.