Комиссия создана в соответствии с указом президента РФ от 28 декабря 2001 года "О комиссиях по вопросам помилования на территории субъектов Российской Федерации". Эта комиссия станет постоянно действующим консультативным органом по предварительному рассмотрению ходатайств о помиловании осужденных. Как сообщил пресс-секретарь председателя правительства республики Андрей Раев, в функции комиссии входит осуществление контроля за исполнением на территории Карелии указов президента РФ по вопросам помилования и за условиями содержания осужденных, подготовки предложений о повышении эффективности деятельности органов уголовно-исполнительной системы и социальной адаптации лиц, отбывших наказание.

Руководителем комиссии по вопросам помилования назначен почетный гражданин республики Карелия Павел Сепсяков. С 1969-го по 1983 годы он работал в должности мэра Петрозаводска. В состав комиссии вошли также заместитель председателя президиума коллегии адвокатов Карелии Светлана Вечерская, руководитель региональной общественной организации "Общество солдатских матерей" Валентина Вонти, председатель комиссии по правам человека, руководитель карельского Союза писателей Марат Тарасов, протоиерей отец Иоанн и другие.