Сергей Анатольевич Ковалев родился 9 марта 1959 года, гражданин РФ, русский. Образование высшее - в 1990 году закончил Академию гражданской авиации г.Ленинграда по специальности «Эксплуатация воздушного транспорта». В 2003 году закончил Институт международного права и экономики имени А.С. Грибоедова г. Москвы по специальности «Юриспруденция».
Начал свою трудовую деятельность после окончания Кировоградского летно-штурманского училища в 1978 году в качестве диспетчера по управлению воздушным движением в Нижневартовском авиапредприятии. В дальнейшем работал старшим диспетчером по управлению воздушным движением, руководителем полетов.
Без отрыва от основной работы активно занимался общественной деятельностью: принял непосредственное участие в создании Нижневартовского профсоюза авиационных диспетчеров в 1990 году, а также профсоюзов авиационных диспетчеров Тюменской области, организовал Тюменскую территориальную ФПАД в 1991 году.
До 1996 года являлся председателем Нижневартовского ПАД. В 1992-1994 и 1996-2000 годах избирался председателем Тюменской территориальной федерации профсоюзов авиационных диспетчеров. В 1997 году избран вице-президентом Федерации профсоюзов авиационных диспетчеров России, в 2000 году избран на должность президента ФПАД России, в 2001 году перешел на освобожденную работу в данной должности.
В октябре 2003 года вновь избран на эту должность.
Женат, имеет двоих детей.